Japon, 2241. Suite à la « 3e crise de l'homme », la surface de la Terre est devenue inhabitable pour l'être humain. Parmi les ruines, ne restent que des robots.
Mais l'un d'eux (un Yojimbot, robot samouraï) tombe inopinément sur Hiro,un jeune garçon, et son père qui cherchent à échapper à une troupe armée. Le Yojimbot se défait de l'escouade et sauve l'enfant. Il va vite comprendre que, de la survie d'Hiro, dépend le sort de l'humanité...